Fungisit dirençli Botrytis cinerea'ya karşı yeni bir Serratia fonticola suşunun inhibitör etkisine yönelik metagenomik veri analizi ve karakterizasyonu

Bozkurt E. B., Baysal Ö., Silme R. S., Marzec-Grzadziel A.

9th INTERNATIONAL MOLECULER BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY CONGRESS, Kars, Türkiye, 6 - 10 Aralık 2020, ss.107, (Özet Bildiri)

  • Yayın Türü: Bildiri / Özet Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Kars
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.107
  • Abdullah Gül Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Botrytis cinerea, yetiştirme alanlarında hızla fungisit direnci geliştiren ve kendi genetik yapısını değiştiren bir bitki patojeni mantarıdır. Biyokontrol, patojen büyümesi üzerindeki engelleyici etkisinin yanı sıra, çevre ve insan sağlığına zararlı olan ve kamuoyunda endişe yaratan toksik kimyasalların olumsuz etkilerini de azaltabilir. 2 günlük koloniler üzerinde fenol ile muamele edilmiş agar plakalarına dağıtılmış topraktan izole edilen yeni bir Gram (-) bakteri suşu, Botrytis cinerea spor süspansiyonu üzerindeki antibiyotik etkisini belirlemek için kullanılmıştır. Çalışmalar, fenol ile muamele edilmiş kolonilerin etrafındaki mantar sporlarının sınırlı büyümesini göstermiştir. Daha sonra, patojen büyümesi üzerinde en yüksek ve kararlı baskılamaya sahip çift yapraklı agar biyo-deneyi kullanılarak test edilen en yüksek antibiyotik etkisini gösteren seçilmiş koloniler kullanılmıştır. Optimum konsantrasyon (CFU/ml), spektrofotometrik analize göre belirlenmiştir. MİK konsantrasyonu ve inhibisyon yüzdesi (%), kontrole kıyasla 3 dpi'dan sonra %85 inhibisyon oranı ve 10 dpi'dan sonra %65 inhibisyon oranı ile gösterilmiştir. Bakteri suşu, 16s rRNA'ya dayalı metagenomik analizle Serratia fonticola olarak tanımlanmıştır. KEGG yol veritabanını ve patojen büyümesi üzerinde baskılayıcı rol oynayan enzimleri kodlayan genlerin sınıflandırılmasını kullanarak yaptığımız karşılaştırmalı analiz, etkili biyopreparat bileşiminin hazırlanması ve in vivo deneylerde daha ileri uygulamaları için yeni bir bakış açısı sağlayacaktır.

Botrytis cinerea is a plant pathogenic fungi showing rapidly development of fungicide resistance in cultivation fields and, changes its own genetic structure. Biocontrol may also reduce negative effects of toxic chemicals, which is harmfull to environment and human healthy that is public concern besides its inhibitory effect on the pathogen growth. A novel Gram (-) bacterial strain isolated from soil dispersed on agar plates treated with phenol on 2 days old colonies was used to determine its antibiosis effect on spore suspension of Botrytis cinerea. The studies showed restricted growth of the fungi spore around the phenol treated colonies. Afterwards, the selected colonies showing the highest antibiosis effect tested using double-sheet agar bio-assay with the highest and stable suppression on pathogen growth were used. Optimal concentration (CFU/ ml) was determined according to spectrophotometric analysis. MIC concentration and inhibition percentage (%) indicated by 85% inhibition ratio after 3 dpi and 65% at 10 dpi compared to the control. The bacterial strain was identified as Serratia fonticola by metagenomics analysis based on 16s rRNA. Our comparative analysis using KEGG pathway database and classification of the genes encoding enzymes playing suppressive role on the pathogen growth will provide new insight for the preparation of effective biopreparate composition and its further application in vivo assays.